SPAD it Home  
   
Informatie over het logo Statistic Process And Data analysis and Information Technology

Achtergrond

Genencor International is een internationale onderneming met een Amerikaans hoofdkantoor. Genencor is een belangrijke speler op het gebied van enzymen, bijvoorbeeld wasmiddel-enzymen (proteases, amylases en cellulases). In de vestiging in Leiden houdt men zich o.a. bezig met het screenen van potentieel geschikte enzymen. In dit high throughput screeningsproces worden vele potentiële eiwitten onderzocht; in eerste instantie met een snelle en goedkope test, maar naarmate een enzym beter aan de eisen lijkt te voldoen met steeds meer tests en metingen. Op deze wijze worden de beste kandidaten geselecteerd gegeven de gewenste functionaliteit. De diverse meetapparaten leveren grote hoeveelheden gegevens in verschillende formaten.

Doel

Ten behoeve van het verwerken van grotere hoeveelheden gegevens uit diverse apparaten is behoefte aan verwerkingssoftware. De betrokken onderzoekers hebben een sterke voorkeur om de gegevensverwerking binnen MS Excell te laten plaatsvinden omdat men hier nu al veel gebruik van maakt. De tool voor gegevensverwerking moet voorts zo flexibel worden opgezet dat de onderzoeker vrij is bij het samenvoegen van diverse bestanden. Via een soort inhoudsopgave kan de onderzoeker aangeven uit welke bestanden de gegevens moeten worden verwerkt. De software moet daarbij in staat zijn de bestandsformaten te automatisch herkennen (waaronder de grootte van de datasets - bijvoorbeeld 96 wells of 384 wells microtiterplaten), de gegevens uit de diverse bestanden te verzamelen in een raw data sheet, ze vervolgens in een Measurements sheet om te zetten naar meetwaarden, tijdreeksen te combineren tot kinetische waarden, en tenslotte selecties uit te voeren op basis van gespecificeerde criteria. Voor het omzetten van raw data naar meetwaarden worden ijkcurves gebruikt waarvan de formules alsmede de parameters in de contents vrij mogen worden gedefinieerd.

Het voorstel is dus om een MS Excell Add-In te maken die via het menu geactiveerd kan worden. Elke stap in het verwerkingsproces moet afzonderlijk kunnen worden uitgevoerd via een druk op de knop. Hiermee kunnen onderdelen van de verwerking worden overgedaan indien gegevens veranderen (zoals parameters of formules voor de ijkcurves).

Aanpak

Het project is van matige omvang. Er werd voor gekozen zonder voortraject een offerte uit te brengen welke is geaccepteerd. De Add-In werd in het VBA (Visual Basic for Applications) van MS Excell geïmplementeerd, getest en opgeleverd. In vergelijking met Delphi is VB(A) weinig productief, rommelig en nauwelijks object georiënteerd. Toch is gekozen voor VBA omdat alleen hiermee de gewenste Add-In gemaakt kan worden.

Resultaat

De software is binnen de afgesproken tijd opgeleverd en door Genencor getest. Een aantal kleine aanpassingen bleek nodig om de onderzoekers van Genencor geheel tevreden te stellen. Ook deze aanpassingen werden geïmplementeerd. Inmiddels functioneert de software al weer geruime tijd zonder problemen.